O Director pode criar diferentes secções dentro de Secções na revista, sob Administração da Revista. Uma revista deve tipicamente incluir secções como Artigos, Revisões de Literatura, Notas de Pesquisa, Aplicação Clínica, Comentários, Editorial, etc. Ao criar uma secção para a Revista, o Director pode designar Editores de Secção responsáveis pelas submissões enviadas a determinada Secção, que serão tratadas durante o Processo Editorial (O Editor associa submissões na fila de Submissões Não Designadas a um dos Editores de Secção como parte do Processo Editorial). Secções podem ser apresentadas de diversos formatos ou layouts dentro da revista. O Sumário, que o Editor organiza para cada Edição, será dividida nas Secções que foram criadas, que contenham submissões (uma Seção em que não houver conteúdo não aparecerá no Sumário.

Criando uma Política de Secção. Ao configurar uma Secção, o Director deverá informar a Política da Secção, disponível aos Autores e Leitores em "Sobre a Revista" sob Políticas de Secção. O texto deve descrever o âmbito da secção e o tipo de submissão aceite. Deve indicar se as submissões serão revistas por pares e indexadas, se a Secção está aberta ou restrita para trabalhos convidados (ou apenas para Editores), o tamanho desejado para o artigo, etc.

Indexando o Conteúdo de uma Secção. Itens numa secção devem ser indexados se contribuírem para o conhecimento (não é o caso, por exemplo, de uma secção criada para classificados ou notícias de conferências). As opções de indexação permitirão aos autores alimentarem os Metadados relevantes para indexar os artigos que submetam. Os Metadados serão disponibilizados para busca em sistemas de pesquisa que atendam ao protocolo Open Archives Initiative Metadata Harvesting e a outros sistemas de pesquisa assim que o artigo for publicado. Artigos em Secções Indexadas também terão os seus autores incluídos no Índice de Autores, na página de Pesquisa e serão acompanhados pelas Ferramentas de Leitura definidas pelo Director em questão.

Habilitando e desactivando resumos. Algumas seções, como Revisão de Literatura, não exigem páginas de resumo; a opção permite ao Director desactivar resumos para a secção. Desactivar resumos implica que estes não serão exigidos ou exibidos.

Configurando identificação de artigos. Ao apresentar os metadados aos leitores ou sistemas externos, (via colecta OAI, por exemplo ), o tipo do artigo deve ser identificado. Por exemplo, um item pode ser um artigo revisto por pares, um artigo não revisto, artigo convidado, etc.

Restringindo o Conteúdo de uma Secção. A caixa de restrição deve ser activada para Secções da revista (tais como Editorial e Entrevistas) que não estão abertas para submissão de Autores de forma irrestrita. Submissões restritas devem ser submetidas pelo Editor ou solicitadas a convidados. Apenas Autores com função editorial de Editor ou Editor de Secção poderão submeter para tais secções.

Ocultando o título da secção no Sumário. Pode ser necessário ou desejado ocultar o título de uma secção, cujo conteúdo foi submetido e publicado, ao apresentá-la aos leitores.