O sistema adopta a filosofia do auto-arquivamento, com a participação do Autor na indexação da submissão. O sistema gera automaticamente alguma indexação ou metadados (tais como título da revista, data, URL, etc.). Metadados, ou dados sobre dados, são um conjunto de termos que descrevem o documento ou dado na Edição, tendo assim o uso de comparação de termos de indexação com o mesmo objectivo. A revista usa um protocolo de metadados para indexar submissões desenvolvido e mantido pela Iniciativa dos Arquivos Abertos (Open Archives Initiative — OAI) que se baseou, por sua vez, na Iniciativa de Metadados Dublin Core (Dublin Core Metadata Initiative). O Protocolo para Colecta de Metadados OAI é o padrão emergente para pesquisa, possibilitando a sistemas de pesquisa integradas OAI criar índices de pesquisa baseados em recursos à escala global. Entretanto, os conteúdos das revistas estão disponiveis no Google e noutros sistemas de pesquisa padrão na web.

Elementos de Metadados. O Dublin Core consiste em 15 elementos de metadados usados para identificar e descrever documentos. Os elementos incluem termos de indexação trandicionais para identificação de documentos, como Autor, Título, Descrição (Resumo), Assunto, permitindo indexação mais detalhada ou granular ao incluir outros elementos como Tipo, Cobertura, e Patrocinador. O Director e o Editor da Revista definem quais elementos de metadados são apropriados para cada revista e disponibilizam exemplos de cada — baseados no âmbito da revista — para guiar o Autor.

Ao alimentar o resumo, código HTML limitado pode ser usado para uma formatação mais complexa.

Vantagens da Indexação. Os autores são incentivados a indexar as suas submissões, no Passo 2 do processo de Submissão, tendo oportunidade de rever e verificar os metadados como parte do Processo Editorial. Os metadados também serão verificados no processo de Edição de Texto. Os metadados desta revista serão colectados por um número de sistemas dedicados de pesquisa que criam, de facto, um índice de pesquisa ou guia. Os trabalhos com indexação de qualidade serão muito mais facilmente recuperados nas pesquisas, aumentando o seu impacto e citação. Embora haja um limite no número de termos pelos quais um trabalho é indexado, os autores são incentivados a pensar sobre como o seu trabalho pode se posicionar e ser localizado em função desta indexação detalhada.